Auch der große Leonardo da Vinci war einmal jung, und nach "Leo da Vinci: Mission Mona Lisa" bereits mit 16 Jahren voller erfinderischer Ideen und Tatendrang. Sehr zum Leidwesen seines besten Freundes Lollo, der immer wieder als Testperson für die abenteuerlichsten Konstruktionen des zukünftigen Genies herhalten muss. Als der Hof der Eltern der wagemutigen Lisa abbrennt, beschließen Leo da Vinci und sein Freund Lollo ihrer Freundin zu helfen und nach Florenz zu reisen. Dort will Leo bei dem berühmten Bildhauer Verrocchio in die Lehre gehen und so schnell wie möglich Geld verdienen, um somit den Wiederaufbau des Hofes zu finanzieren. Denn nur auf diese Weise kann Lisa der Vermählung mit einem Adligen entgehen. Während ihres Aufenthaltes in Florenz erfahren die drei von einem versunkenen Schatz und beschließen, ihn mit Hilfe von Leos neuester Erfindung - einem Taucheranzug - zu heben. Dabei ahnen sie nicht, dass es eine Horde Piraten ebenfalls auf den Schatz abgesehen hat.